Những câu chuyện truyền thuyết về sự ra đời của Vịnh Hạ Long thường được gắng liền với các câu chuyện lịch sử chống giặc ngoại xâm của dân tộc Việt Nam.

Theo truyền thuyết kể rằng, nước Việt khi mới khai sinh, sáng lập thì bị giặc ngoại bang nhòm ngó, chiếm đánh. Thấy rõ điều đó, Ngọc Hoàng bèn sai một đàn rồng xuống giúp người Việt giữ nước.  Nhờ vậy, khi giặc ào ạt tiến đến từ bở biền, đàn rồng liên phun ra chân ngọc hóa núi đá chăn lại khiến thuyền giặc lao vào núi đã mà vỡ tan tành. Về sau, khi dàn được chiến thắng, bờ cõi, chủ quyền được bảo toàn, rồng mẹ vì uyến luyến phong cảnh nơi hạ giới mà quyết định ở lại. Nơi rồng mẹ hạ xuống sau này mang tên Hạ Long, nơi rồng con ở lại mang tên Bái Tử Long, còn nơi mà đuôi rồng quẫy lên trắng xóa được gọi là Bạch Long Vĩ nằm ở Móng Cái, Quảng Ninh ngày nay.

Bên cạnh Vịnh Hạ Long thì các hang động, đảo cũng được có nguồn gốc hình thành độc đáo từ những câu chuyện truyền thuyết. Trong đó, điển hình là câu truyện hình thành Hang Trống và Hang Trinh Nữ. Truyền thuyết kể lại rằng, ở một làng nọ có một cô gái xinh đẹp, nết na, vì nghèo khó nên cô phải đi làm thuê cho một gia đình địa chủ. Thấy cô gái xinh đẹp tên địa chỉ bèn sinh lòng tham muốn chiếm đoạt bắt cô làm vợ bé. Nhưng vì đã đem lòng yêu một chàng ngư dân khác nên cô tìm mọi cách chối từ. Không thể làm gì cô, gã địa chủ đã tìm cách đẩy cô ra đảo sau đó, vì cô độc, đói khát, kiệt sức mà cô đã ra đi và hóa thành đá trên đảo. 

Về phía chàng trai, khi trở về nghe được tin giữ đã nhanh chóng chèo thuyền đi tìm người yêu. Thế nhưng, đêm ấy mưa gió lớn khiến chàng bị đánh tả tơi và bị dạt vào một đảo khác. Lúc này, dù đã nhận ra nàng trong ánh chớp lé lên nhưng không thể làm gì, ngoài tiếng kêu gọi vô vọng. Lúc ấy, chàng đã dùng đá đập vào vách núi để báo hiệu cho nàng rằng người thương của nàng đã tới, nhưng tiếng đá cứ vang lên mãi không hồi đáp, cho tới khi máu chảy đầm đìa và kiệt sức, chàng cũng đã hóa đá nơi đây. Về sau nơi cô gái hóa đá được mang tên hang Trinh Nữ. Đối diện với hang Trinh Nữ chính là nơi mà chàng trai hóa đá, được gọi là hang Trống.

Bên cạnh đó sự tích về hang Đầu Gỗ có ý nghĩa quan trọng rong kháng chiến chống quân Nguyên - Mông của anh hùng dân tộc Trần Hưng Đạo. Hang Đầu Gỗ là nơi mà vị tướng Trần Hưng Đạo đã sử dụng hang làm nơi giấu cọc gỗ lim để chuẩn bị cho trận chiến trên sống Bạch Đằng. Ngoài ra, cũng có một số sự tích khác cho rằng, đây là hang mà Trần Hưng Đạo đã cho đẽo cọc gỗ lim để cắm xuống lòng sông Bạch Đằng. Do vậy, sau khi chuyển gỗ đi trong hang còn sót lại rất nhiều đầu gỗ lim, chính bởi vậy cái tên hang Đầu Gỗ ra đời.

Có thể nói, những câu truyện truyền thuyết về nguồn gốc ra đời của Vịnh Hạ Long đã làm nên sắc màu đầy bí ẩn, huyền thoại cho danh lam thắng cảnh tuyệt đẹp này.