Theo nội dung kết luận của Phó chủ tịch Ủy ban nhân dân (UBND) TP.Hà Nội Dương Đức Tuấn, Ban Quản lý đường sắt Hà Nội được giao chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan khẩn trương nghiên cứu bổ sung theo 3 phương án, đề xuất báo cáo UBND TP.Hà Nội xem xét trong tháng 3/2021, báo cáo Thủ tướng Chính phủ quyết định.

Cụ thể với phương án 1 sẽ nghiên cứu kỹ về tiêu chuẩn kỹ thuật, công nghệ đối với đường sắt đô thị ngầm để làm cơ sở điều chỉnh thiết kế, vi chỉnh cục bộ mặt bằng ga C9 để không nằm vào vùng bảo vệ II của di tích quốc gia đặc biệt hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn.

Phương án 2: giữ nguyên, không đề xuất điều chỉnh hướng đoạn tuyến và phương án tổng thể mặt bằng ga ngầm C9 đã được các sở, ngành của Hà Nội thống nhất.

Phương án 3: giữ nguyên hướng tuyến, xem xét phương án bỏ ga ngầm C9, để từ ga C8 thẳng đến ga ngầm C10, với yêu cầu đảm bảo tất cả các yếu tố về kỹ thuật liên quan đến chạy tàu; phân tích đánh giá về việc sẽ giảm tổng mức đầu tư, giảm tiến độ thực hiện dự án, lưu lượng hành khách.

Thời gian qua,phương án đề xuất vị trí quy hoạch tổng thể ga ngầm C9 gây ra nhiều ý kiến trái chiều trong dư luận. Ngày 16/8/2018, Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng của Quốc hội có công văn số 1479 gửi Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Thủ tướng Chính phủ bày tỏ lo ngại về những tác động của tuyến đường sắt đô thị số 2, đặc biệt quy hoạch tổng mặt bằng ga ngầm C9 đối với khu vực trung tâm Thủ đô, di tích quốc gia, đặc biệt hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn.

Cơ quan này cho rằng: "Ga ngầm C9 được đặt gần đền Ngọc Sơn, đền Bà Kiệu không chỉ vi phạm Luật Di sản văn hóa mà còn tiềm ẩn nhiều nguy cơ, ảnh hưởng không thể khắc phục đối với di sản, không gian văn hóa của trung tâm Thủ đô".

Bên cạnh đó, Bộ Văn hóa,Thể thaovà Du lịch cũng có văn bản đề nghị UBND TP.Hà Nội nghiên cứu điều chỉnh hướng tuyến, vị trí nhà ga C9 và các công trình phụ trợ để đảm bảo không gây ảnh hưởng bất lợi đối với khu vực bảo vệ các di tích.

Đến tháng 10/2018, UBND TP. Hà Nội có văn bản báo cáo Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, cho rằng, thiết kế tổng mặt bằng ga ngầm C9 và tuyến hầm có phần nằm trong khu vực bảo vệ II nhưng hoàn toàn nằm ngoài và không xâm phạm khu vực bảo vệ I là vùng có các yếu tố gốc cấu thành di tích lịch sử và danh lam thắng cảnh hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn; Tuyến hầm đi qua bên dưới gian trước của đền Bà Kiệu, cách gò đá chân Tháp Bút 1m nhưng là đi ngầm, đỉnh hầm cách mặt đất 12,3m, đáy hầm cách mặt đất 18,8m, hoàn toàn không xâm phạm vùng bảo vệ I, tuân thủ chặt chẽ các quy định của pháp luật về di sản văn hóa, bảo tồn văn hiến Thủ đô.

UBND TP. Hà Nội cũng đã đề nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét lại các ý kiến của Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng, chấp thuận và chỉ đạo Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch tiếp tục xem xét có văn bản đồng ý với quy hoạch tổng mặt bằng ga ngầm C9 và tuyến hầm liên quan tại khu vực hồ Hoàn Kiếm.