Trước đó, năm 2020, công trình được trùng tu, giữ nguyên kiến trúc ban đầu của cột cờ; tuy có một số thay đổi ở chân cột cờ nhưng vẫn bảo tồn các yếu tố lịch sử của cột cờ Thủ Ngữ. Một số công trình ở công viên Bến Bạch Đằng cũng được cải tạo đợt này.

Lần trùng tu này đã mang lại cho cột cờ Thủ Ngữ một hình ảnh mới, với lối đi được lát đá, trồng thêm các mảng cỏ xanh, cây kiểng, lắp đặt hệ thống tưới tự động. Công viên Bến Bạch Đằng - nơi tọa lạc cột cờ cũng được chỉnh trang về đèn chiếu sáng, ghế đá...

Theo Sở Quy hoạch-Kiến trúc TP. HCM, công trình Cột cờ Thủ Ngữ được xây dựng từ tháng 10/1865 với tên tiếng Pháp đầu tiên là “Mât des signaux”.

Ban đầu, công trình có nhiệm vụ làm cột tín hiệu cho tàu thuyền ra vào luồng lạch khu vực sông Sài Gòn-Gia Định (góc ngã ba sông Sài Gòn và kênh Tàu Hũ-Bến Nghé ngày nay). Trải qua nhiều giai đoạn lịch sử, cột cờ và khu vực cảnh quan có nhiều thay đổi về hình thái: Có thêm sàn đứng kéo cờ, căng dây cáp, thang dây...

Đến năm 1920, Cột cờ Thủ Ngữ có thêm công trình hình bát giác một tầng mái dốc được xây dựng dưới chân cột cờ. Từ những năm 1940 trở về sau, công trình được xây dựng lại với hình thức kiến trúc có sự thay đổi.

Trong lịch sử còn ghi lại, khi diễn ra Nam Bộ kháng chiến (tháng 9/1945), ngay dưới chân Cột cờ Thủ Ngữ, một tiểu đội tự vệ chiến đấu của dân quân Sài Gòn-Gia Định đã kiên cường chống trả một đại đội quân địch và anh dũng hy sinh dưới chân cột cờ.

Từ sau ngày thống nhất đất nước đến đầu năm 2000, công trình tiếp tục được cải tạo có thêm các chức năng công cộng như một địa điểm phục vụ du lịch. Từ năm 2011 đến nay, công trình được tu bổ, sử dụng làm nhà truyền thống trưng bày ảnh về vùng đất Sài Gòn xưa.

Tháng 5/2016, UBND TP. HCM ban hành quyết định xếp hạng di tích lịch sử cấp thành phố cho công trình Cột cờ Thủ Ngữ.