Theo kết quả nghiên cứu của Viện Sinh thái học và tiến hóa - Viện Hàn lâm Khoa học Nga, Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga tại Nha Trang và Viện Hải dương học, 90% san hô ở vịnh Nha Trang đã biến mất so với những năm 1980. Trong đó, giai đoạn hiện nay là đáng báo động và có sự suy giảm mạnh nhất.

Độ che phủ san hô trung bình giảm 64,4%. 2 chi san hô vốn là thành phần chỉ yếu của rạn san hô ở vịnh Nha Trang là Acropora và Montipora có độ giảm lần lượt là 80,6% và 82,3%. Tại đảo Hòn Một, loài san hô này có độ che phủ giảm 4-8 lần hoặc biến mất hoàn toàn. Ở phía bắc đảo Hòn Tre, độ che phủ san hô mất 98%, tương đương giảm 54 lần.

Theo kết quả quan sát, thu thập mẫu phân tích và hệ thống thông tin địa lý GIS cho thấy, tổng diện tích san hô khỏe mạnh và phong phú ở vịnh Nha Trang đã giảm từ 6,65km2 trước năm 1980 xuống còn 0,74km2 vào năm 2019.

Điều này cho thấy vịnh Nha Trang đã mất đi 90% san hô trong vòng chưa đầy 10 năm. 10% còn lại của quần đảo san hô trong 2 tình trạng: một số vẫn ổn định, một số tiếp tục suy giảm với mức độ che phủ dao động từ 13-50%.

Tiến sĩ Hoàng Xuân Bền, Phó Viện trưởng Viện Hải dương học cho rằng, sự suy giảm của rạn san hô có nhiều nguyên nhân như: ô nhiễm môi trường, khai thác hủy diện bằng chất nổ, xuất hiện san hô bị bệnh, các tai biến thiên nhiên, hiện tượng ưu dưỡng cục bộ, hiện tượng tẩy trắng san hô, bùng nô sinh vật ăn san hô...

Việc mất rạn san hô lớn nhất là do quá trình san lấp và xây dựng cơ sở hạ tầng du lịch cũng như dân sinh tại các vùng ven bờ, vèn đảo. Đồng thời, quá trình san lấp còn đưa lượng trầm tích ra biển, gây lắng đọng trên bề mặt rạn và làm san hô bị chết.

Hiện Viện Hải dương học đã thử nghiệm phục hồi san hô ở vịnh Nha Trang và xác định được 9 loài san hô cứng có khả năng phục hồi với tỷ lệ sống đạt trên 60%. Kết quả này mang lại những hiệu quả nhất định, góp phần giảm thiểu những tác động bất lợi đối với rạn san hô, gia tăng giá bám bền vững cho san hô phục hồi và tạo môi trường ổn định cho sự phát triển của quần xã sinh vật rạn.

Tuy nhiên, nếu so sánh với các khu vực phục hồi khác như Côn Đảo, Bình Định, Lý Sơn thì tỷ lệ sống của san hô phục hồi ở vịnh Nha Trang không cao. Một số nguyên nhân như: sự cạnh tranh không gian giữa 2 loài, địch hại của san hô, hoạt động gián tiếp từ con người và các yếu tố khác. Vì vậy, tỉnh cần có đánh giá toàn diện để có giải pháp cho vấn đề này trong thời sớm nhất.